Hệ thống chính trị ở miền Nam chịu sự lãnh đạo của Đảng Lao động tương tự như ở ngoài Bắc. Cơ chế Đảng lãnh đạo từ thời Việt Minh, sau 1945, tới Cộng hòa XHCN Việt Nam sau này thời bao cấp và Đổi mới, không có nhiều khác biệt. Nó tuân theo một nguyên tắc Lêninnít là "dân chủ tập trung" hay "tập trung dân chủ". Tùy theo từng thời kỳ tập trung được nhấn mạnh hay dân chủ được nhấn mạnh, thả lỏng cho Chính quyền, Đoàn thể hay các tổ chức Đảng can thiệp sâu. Cơ chế lãnh đạo chính quyền, Mặt trận và Liên minh, các đoàn thể và cách mạng nói chung có một số nguyên tắc cơ bản:

• Những vấn đề thuộc thẩm quyền riêng của Đảng mà không phải của Mặt trận hay chính quyền, thì Đảng quyết định không phải thông qua các tổ chức kia, có nhiều vấn đề quan trọng thuộc về nội bộ Đảng, các vấn đề cần giải quyết nhanh chóng hay nhạy cảm

• Những vấn đề cần chính quyền, Mặt trận thể chế hóa thành pháp luật hay các văn bản của họ về nguyên tắc, cơ quan Đảng thuộc thẩm quyền có thể ra đường lối chủ trương theo quan điểm của chính họ, thông thường sẽ lấy ý kiến của cơ quan chính quyển, đoàn thể, các cơ quan bộ ban ngành liên quan, sau đó Đảng ra quyết định. Khi đã có quyết định của Đảng thì bên Mặt trận, chính quyền phải phục tùng ban hành quyết định dựa theo ý kiến của Đảng. Nếu có ý kiến khác thì vẫn phải tuân thủ ý kiến của Đảng, không được làm trái, nhưng cá nhân hay tổ chức có quyền bảo lưu ý kiến riêng báo cáo lại cơ quan Đảng để sau cơ quan hay lãnh đạo Đảng xem xét ra quyết định lại, hoặc có thể trình lên cấp ủy Đảng cấp trên để cấp ủy cấp trên xem xét bãi bỏ quyết định cấp dưới hay không. Ví dụ Trung ương Cục Miền Nam ra quyết định sau khi có tham khảo ý kiến của bên Mặt trận, chính quyền, thì bên Mặt trận, Chính quyền bắt buộc phải thi hành (thông thường các vấn đề cốt lõi bên Đảng quyết, các vấn đề câu chữ không quan trọng, bên thể chế hóa sẽ làm tiếp), nếu có cá nhân hay tập thể bên Mặt trận hay chính quyền không đồng ý có quyền bảo lưu ý kiến và sẽ đưa vấn đề ra cuộc họp sau của Trung ương Cục quyết, hay đệ trình lên Bộ Chính trị quyết, nếu không đồng ý ý kiến Bộ Chính trị, thì đệ trình ra Trung ương Đảng. Tuy nhiên các cơ chế này hiếm khi áp dụng. Thông thường các cuộc họp quan trọng của đảng liên quan trách nhiệm của cơ quan bên chính quyền hay Mặt trận đoàn thể, sẽ mời thêm một số cán bộ của các cơ quan bên Mặt trận, chính quyền tham dự để góp ý, giải trình, và họ không có quyền biểu quyết.

• Những vấn đề thuộc phạm vi cơ quan nào phụ trách trực tiếp, cơ quan đó có quyền đệ trình ra cấp ủy đảng quyết định, hoặc cấp ủy Đảng có quyền yêu cầu cơ quan đó đệ trình vấn đề mà cơ quan đó phụ trách để cơ quan Đảng ra quyết định. Cơ quan đảng dựa vào đệ trình của cơ quan bên Mặt trận, chính quyền xem xét quyết định, sau đó sẽ đưa lại cho bên Mặt trận và chính quyền thể chế hóa thành đường lối, pháp luật của họ. Ví dụ vấn đề văn hóa Bộ Văn hóa sẽ đệ trình hay cơ quan lãnh đạo đảng sẽ yêu cầu họ (tổ chức đảng của Bộ Văn hóa) đệ trình, Chính phủ hay đảng đoàn Chính phủ thảo luận cho ý kiến, vấn đề quan trọng đưa ra Bắc quyết định, ít quan trọng hơn sẽ do Trung ương Cục quyết định. Sau khi có quyết định của đảng, bên Mặt trận và chính quyền sẽ ban hành.

• Các vấn đề mang tính sự vụ, hành chính, hay không quan trọng, bên Mặt trận, đoàn thể chính quyền tự quyết sau đó báo cáo lại cấp ủy Đảng, thậm trí không cần báo cáo (ví dụ giải quyết ly hôn cho một đôi vợ chồng...)

Cơ chế lãnh đạo theo chiều dọc từ cấp trung ương đến xã, thôn, bản, ấp, các chi bộ đảng. Theo chiều ngang có đảng bộ các cơ quan mặt trận, đoàn thể, chính quyền, sở ban ngành. Các cơ quan tổ chức quan trọng ngoài đảng bộ, là các đảng đoàn và ban cán sự đảng do cấp trên bổ nhiệm xuống, ví dụ Đảng đoàn trong Mặt trận, Liên minh các Lực lượng Dân tộc, Dân chủ và Hòa bình Việt Nam , các Hội, Chính phủ, ban cán sự các bộ ngành (riêng Bộ Ngoại giao thì có thời kỳ có ban cán sự, có thời kỳ Đảng nắm trực tiếp). Trong quân giải phóng áp dụng cơ chế quản lý riêng.

Thực tế trong suốt cuộc chiến tranh nhiều lần bên đảng có họp bàn về vấn đề có công khai trước toàn thế giới, Đảng và Bác lãnh đạo cách mạng miền Nam hay không, hay là để bên Mặt trận và chính phủ công khai, còn đảng đứng sau lưng, và gần như lần nào cũng là quyết định vẫn nên để bên Mặt trận đứng công khai, chứ chưa tiện để đảng đứng công khai. Việc thành lập chính quyền cũng bàn từ năm 1960 nhưng nhiều vấn đề nên luôn gác lại, liên quan vấn đề chủ trương là Mặt trận đấu tranh vũ trang nhưng luôn để ngỏ thành lập một chính phủ liên hiệp với những thành phần nào đó ở Sài Gòn, hay là vấn đề thành lập chính phủ gây khó khăn thế nào về pháp lý đối với vai trò của chính quyền ngoài Bắc đối với miền Nam, ngoài ra còn do các vùng cách mạng kiểm soát không ổn định, đa số là vùng phên dậu, "ngày cộng hòa đêm Việt cộng" rất phổ biến, mà chủ trương chính là đánh suy yếu đối phương hơn là giành dân lấn đất do khả năng quản lý còn kém của bên cách mạng, thiếu nhân vật lực, nên các vấn đề thành lập chính quyền hay bị gác lại. Có một thực tế là khi có đất quản lý, thì người dân tự quản là chính, còn bên đảng hay Mặt trận, và sau là chính quyền cử cán bộ quản lý, nhưng cơ chế đơn giản. Thành lập chính quyền cũng đòi hỏi phải có bầu cử, phải có cơ chế pháp luật chặt chẽ... cái này bên cách mạng còn ngại.

Việc thành lập chính phủ năm 1969 mục đích chính là phục vụ cho ngoại giao, đàm phán. Mỹ và Việt Nam Cộng hòa cho Mặt trận chỉ là con rối của Bắc Việt, do Bắc Việt đẻ ra, họ không có quyền hành (nên không muốn ngồi cùng), trong khi đó bên Cách mạng lại luôn muốn tỏ ra với thế giới là Mặt trận có đường lối độc lập với miền Bắc, để nâng cao vị thế của họ, có lợi cho đối nội đối ngoại. Nguyễn Hữu Thọ đứng gần như ngang và độc lập với Hồ Chí Minh, hai người có quyền lực hành pháp riêng. Về bề ngoài Mặt trận là một phong trào chính trị, có quyền hành pháp độc lập (khi chưa có chính quyền), không lệ thuộc Chính phủ ngoài Bắc, tuy nhiên Mặt trận vẫn là cấp dưới của Quốc hội Việt Nam dân chủ cộng hòa, vì Quốc hội vẫn là đại diện cho cả nước. Đến năm 1968 khi quân giải phóng tấn công các đô thị, lúc này cần thiết có một Mặt trận khác thu hút các lực lượng ở các đô thị, các tầng lớp trên trong xã hội đô thị miền Nam, do đó ra đời Liên minh các Lực lượng Dân tộc, Dân chủ và Hòa bình Việt Nam. Tổ chức này về hình thức bên ngoài là sự nổi dậy của quần chúng đô thị mà lập ra, nên khi Quân giải phóng vào Huế, thì dùng cờ của tổ chức Liên minh, không dùng cờ Mặt trận.

Năm 1969 hai tổ chức bề ngoài độc lập này tiến hành Đại hội Quốc dân thành lập chính phủ lâm thời (giống năm 1945 tại Tân Trào cũng có một Đại hội quốc dân thành lập Ủy ban dân tộc giải phóng sau là chính phủ lâm thời). Từ đó có một chính thể mới, Mặt trận cũng không còn liên kết với Việt Nam Dân chủ cộng hòa, mà gắn với chính thể mới. Các vùng đất trước đây Mặt trận kiểm soát về lý thuyết vẫn là của chính thể Việt Nam cộng hòa nhưng không do họ quản lý, nay là vùng đất của chính thể mới. Quốc hội Việt Nam DCCH không lưu nhiệm các đại biểu miền Nam, và không còn đại diện hai miền. Tuy nhiên để tỏ ra gắn kết hai miền, thì vẫn có đại diện của 2 chính phủ như là "đại sứ" ở mỗi miền, và Đảng Lao động cử đại diện ở miền Nam (Trung ương Cục miền Nam, hoạt động bí mật từ 1961, năm 1969 công khai) bên cạnh Đảng Nhân Dân cách mạng anh em.

Việc thành lập chính thể mới, nhằm nâng phe cách mạng miền Nam ngang hàng với Sài gòn, nhưng miền Bắc không thể dễ can thiệp các vấn đề miền Nam về mặt pháp lý. Tranh cãi nhiều nhất vẫn là vấn đề pháp lý cho quân đội ngoài Bắc vào miền Nam (và thực tế tỏa khắp Đông Dương). Năm 1954 theo Hiệp định Geneva, thì Quân đội nhân dân phải rút khỏi miền Nam và Lào, Campuchia, nhưng lực lượng chính trị của cách mạng (Liên Việt) được ở lại miền Nam. Chính phủ Việt Nam Dân chủ CH không có thẩm quyền ở trong Nam, ngoài việc được bố trí lực lượng chính trị ở lại để chuẩn bị cho tổng tuyển cử. Do đó Mỹ về sau khi phát hiện quân ngoài Bắc ở trong Nam lấy cớ đó để đổ bộ quân vào. Miền Bắc lại đưa ra lập luận bên Mỹ và Sài Gòn vi phạm hiệp định trước và họ khẳng định lại chủ quyền cả nước (khi bên kia đã vi phạm), nhưng mặt khác có sự ra đời của Mặt trận, nên họ chỉ nói là đi giúp thôi. Do đó mà họ gọi quân đội nhân dân ở miền Nam là quân giải phóng. Trong khi đối phương yêu cầu gọi quân đó là Quân đội nhân dân, và là chủ đề gây tranh cãi đến khi hiệp định Paris ký kết.

Theo hiệp định này thì miền Nam có 2 chính quyền, 2 quân đội, tức quân đội VN cộng hòa và quân giải phóng, chứ không có quân đội nhân dân. Như vậy việc Mỹ thừa nhận quân đội nhân dân ở miền Nam là một bộ phận quân giải phóng cũng là đồng nghĩa họ phải thừa nhận đội quân đó được phép ở lại. Lúc này bên cách mạng thừa nhận công khai việc chi viện của miền Bắc cho miền Nam như đã có trước đó, nhưng rõ ràng hơn. Có một thực tế là rất nhiều cán bộ Chính phủ cách mạng là người miền Bắc, nhiều cán bộ miền Bắc trong phái đoàn Cộng hòa miền Nam VN đi đàm phán ở Paris, hay hiện diện ngay Sài Gòn tại trại David. Bộ Tư lệnh quân giải phóng cũng có nhiều người là tướng lĩnh của Quân đội nhân dân (Tướng Trà khi đến làm nhiệm vụ tại trại David năm 1973 với tư cách tư lệnh Quân giải phóng, ông công khai với đối phương là trung tướng Quân đội nhân dân). Tuy nhiên phải đến sau 1975 bên cách mạng mới nói rõ là Quân giải phóng là một phần quân đội nhân dân, và đảng nhân dân cách mạng là đảng bộ miền Nam của đảng Lao động (năm 1973 bên cách mạng thể hiện Đảng lao động có quyền cử cán bộ chi viện cho Đảng nhân dân cách mạng, nhưng thực quyền lãnh đạo miền Nam là của đảng nhân dân cách mạng).

Đảng Nhân dân cách mạng về lý thuyết là phục tùng nghị quyết Đại hội III về cách mạng hai miền, nên tách ra về tổ chức, họ vẫn theo đường lối Đại hội III, nhưng không lệ thuộc Đảng Lao động sau đó, do mỗi miền có nhiệm vụ riêng. Trong vài năm đầu các biểu tượng Hồ Chí Minh thì ngay Mặt trận và Đảng bộ trong Nam cũng rất ngại treo, nhắc đến, vì không muốn bị mang tiếng miền Bắc đang can thiệp miền Nam, tuy nhiên vài năm sau thì họ gọi Hồ Chí Minh là lãnh tụ của toàn dân tộc, của mặt trận thống nhất, và của cả đảng miền Nam. Các cuộc họp Chính phủ luôn có ảnh của Hồ Chí Minh ở giữa, ảnh ông Thọ và Phát ở hai bên. Sau 30 tháng 4/ 75 thì chỉ có ảnh Hồ Chí Minh.

Về đảng đoàn, thì ở cả Mặt trận, Liên minh, và Chính phủ đều thành lập, giúp cấp ủy đảng, quán triệt các quyết định của Đảng ở các cơ quan đoàn thể đó. Các cuộc họp của đảng đoàn thường là kín, hiếm khi mời những người ở ngoài đến họp. Bên Mặt trận và Chính phủ thì có những đảng viên công khai là đảng viên của Đảng nhân dân cách mạng (sau 1973 họ có thể công khai người của Đảng Lao động nữa), đảng viên ngầm, đang hoạt động trong hai đảng khác và ngoài đảng. Bên Liên minh thì chỉ toàn là đảng viên ngầm và ngoài đảng. Sau 1975 mới công khai đảng viên cộng sản với nhiều cán bộ. Mặt trận, Liên minh và Chính phủ có thể họp liên tịch (giống chính phủ và Mặt trận Tổ quốc bây giờ).

Các cuộc họp của Bộ Chính trị, Ban Bí thư, Trung ương Đ, hay của Trung ương Cục... đều có thể mời các đảng viên không phải là người của cơ quan đó đến dự, nhưng họ không có quyền biểu quyết. Thực tế năm 1959 Hội nghị TƯ 15 có một số cán bộ miền Nam ra không phải ủy viên TƯ tham dự. Ông Nguyễn Hữu Thọ và một số cán bộ MT khác, các tướng lĩnh chiến trường cũng từng dự một số cuộc họp Bộ Chính trị. Các cuộc họp Trung ương Cục thường xuyên mời lãnh đạo bên Mặt trận, Chính phủ tham dự nếu liên quan trách nhiệm của họ. Đây là một vấn đề bình thường vì Việt Nam khác với Liên Xô không phải cách mạng vô sản thuần túy, mà có nhiều thành phần tham gia, do đó có khi cán bộ cấp cao bên nhà nước đoàn thể lại không phải cấp cao bên đảng, nhưng các cuộc họp quan trọng đều có thể mời người ngoài tổ chức tham dự (như Đại hội Đảng mời nhân sĩ ngoài Đảng, 2 đảng anh em Xã hội - Dân chủ, Trung ương Đảng mời cán bộ ngoài Trung ương, hay Bộ chính trị từng mời các cán bộ như Tôn Đức Thắng, Nguyễn Lương Bằng, Hoàng Quốc Việt,.. ngoài BCT tham dự, không kể đại diện cơ quan liên quan được triệu tập đến giải trình, nhưng họ không có quyền biểu quyết).

Bên quân sự thì phân chia chỉ đạo chính trị và quản lý hành chính thuộc về Mặt trận và Chính phủ, Ban quân sự Mặt trận và Bộ quốc phòng, còn chỉ đạo quân sự thì thuộc về đảng Nhân dân cách mạng và Bộ Tư lệnh CLLVTGPMNVN. Bộ tư lệnh thực tế là Ban quân sự của Trung ương Cục, nhưng Trung ương Cục lại là thiết chế bí mật một thời gian dài, hơn nữa, nhằm tạo cho quân giải phóng có tính độc lập tương đối nên quân giải phóng cũng như đảng, đều là thành viên của Mặt trận, và chỉ đạo quân đội là một bộ tư lệnh. Về lý thuyết Đảng sẽ tham gia vào quyết định của Mặt trận như một thành viên tham gia hiệp thương nhưng thực tế bí mật lại là lãnh đạo Mặt trận (như Đảng lãnh đạo Mặt trận Tổ quốc bây giờ). Như vậy về lý thuyết chỉ đạo quân sự phải đứng dưới chỉ đạo chính trị, nhưng thực tế thì đều là do Đảng Lao động lãnh đạo cả. Về bí mật, Trung ương Cục và Bộ Tư lệnh miền chỉ chỉ đạo B2 (về Đảng năm 1964 tách Khu V về Trung ương, khi đó Bí thư khu V của ông Võ Chí Công chức vụ gần tương đương bí thư TƯ cục). Mỗi khu ủy tương ứng là quân khu. Sau này có tình trạng tách B3 khỏi B1, rồi hình thành B5 từ B4, nhưng B3 vẫn trong quân khu V, B5 vẫn trong quân khu Trị Thiên. Năm 1975 trước yêu cầu phải thống nhất về kinh tế một số mặt quan trọng, như lưới điện cả nước,... nên Trung ương yêu cầu Chính phủ cách mạng lâm thời dưới quyền cả Hội đồng chính phủ Việt Nam Dân chủ cộng hòa, để có một chính sách thống nhất về một số mặt quan trọng đó.